Desde su constitución en 2001, la Fundación Lilly tiene como objetivo contribuir al fomento de la ciencia, al impulso de la medicina y a la promoción del humanismo médico. En el área de Ciencia, anualmente convoca los Premios de Investigación Biomédica y fomenta, a través de iniciativas como Citas con la Ciencia, la divulgación y la cultura científica en la sociedad.
En el área de Medicina, destacan iniciativas como la Cátedra de Educación Médica, MEDES – MEDicina en ESpañol- o su programa de alta gestión sanitaria con IESE. La iniciativa Medicina Centrada en el Paciente y las actividades en torno a la figura del médico y humanista español Andrés Laguna o la difusión del legado de William Osler centran el área del humanismo médico.
A través del proyecto MEDES, reconocido por la Real Academia Española (RAE), se promueve la publicación científica en revistas biomédicas en español y se favorece su difusión nacional e internacional mediante diversas actividades de formación y divulgación.
Como elemento nuclear de este proyecto se ha creado la Base de datos bibliográfica MEDES-MEDicina en ESpañol de acceso gratuito a través de Internet, que cuenta con más de 100.000 artículos sobre biomedicina que proceden de un centenar de revistas en español, editadas en España y otros países hispanohablantes, y cubren 50 materias en Ciencias de la Salud. De esta manera, la Fundación Lilly pone a disposición de los profesionales sanitarios una herramienta de consulta bibliográfica cuyas principales ventajas son la continua actualización y evaluación de sus contenidos.
La Fundación Lilly es una entidad sin ánimo de lucro ni actividad comercial. Está financiada por el Grupo Lilly.